Η μεθοδολογία που ακολουθείται κατά τη μελέτη δειγμάτων ριζών από μυκορριζομένα δέντρα υπάρχουσας φυτείας ή φυτάρια προεγκατεστημένα, μας δίνει σαφή εικόνα για την ύπαρξη ή την απουσία του μύκητα της τρούφας στο φυτό.

Κατόπιν επικοινωνίας με τον ενδιαφερόμενο για κάποια γενικά στοιχεία (όπως ηλικία δέντρων, είδος φυτού και τρούφας, περιοχή και υψόμετρο και μεθοδολογία καλλιεργητικών φροντίδων που έχει ακολουθηθεί)  ακολουθεί η στερεοσκοπική και μικροσκοπική ανάλυση του δείγματος με τη βοήθεια εξειδικευμένων υγρών μεταχρωματισμού και ειδικών μετρήσεων.

Τέλος, με βάσει το δείγμα και τα προαναφερόμενα γενικά στοιχεία γίνεται μια ποσοτική εκτίμηση της μυκόρριζας σε όλο το εύρος των ριζών του δέντρου (σε παρουσία και όχι σε ποιότητα) αναλογικά με το μέγεθος του δείγματος.