Η μεθοδολογία που ακολουθείται για την αναγνώριση δειγμάτων τρούφας, αναλύεται στα παρακάτω βήματα:

• Παραλαβή του δείγματος
• Καταγραφή γενικών στοιχείων του δείγματος (ημερομηνία παραλαβής, ημερομηνία συλλογής, περιοχή συλλογής, δασικό είδος βλάστησης, υψόμετρο και συλλέκτης)
• Καθαρισμός της εξωτερικής επιφάνειας της τρούφας και φωτογράφηση
• Μικροσκοπική και μακροσκοπική παρατήρηση (με χρήση μικροσκοπίου και στερεοσκοπίου)
• Μετρήσεις χαρακτηριστικών
• Εξαγωγή αποτελέσματος και αποστολή απάντησης στον ενδιαφερόμενο